Монах и учёный VII века Иоанн Климак считал, что угроза зоофилии таилась для благочестивых людей на каждом шагу. В своих трудах он даже приводил историю о монашеском пастухе, который «по несчастью поддался чарам диких ослов и был сбит с пути». К счастью, церковные власти были бдительны. Существовал даже пожизненный срок за секс с животными.
В 314 году синод в Анцире стал первым церковным собранием, серьёзно обратившимся к проблеме зоофилии. Было решено, что размер штрафа будет зависеть от возраста. Лица моложе 20 лет за совокупление с животным должны были быть наказаны тяжёлой епитимьей (пост, длительная молитва) сроком на 15 лет. Грешникам старше 20 лет уже предстояло 25 лет самоистязания. Те, кто совершил половой акт с животным после 50 лет, должны были каяться до самой смерти.
Такие высокие штрафы не были случайностью. Зоофилия была неотъемлемой частью деревенской жизни. На основании современных исследований, проведённых в Европе и Америке, начиная с XVII века, можно предположить, что более половины членов традиционных общин имели половые сношения с животными.
Если в древности никто не возражал, и тема зоофилии пронизывала мифы, искусство и литературу, то христианство объявило открытую войну сексу с животными. И эта война продолжалась на протяжении всего Средневековья.
Первые века ознаменовались спорами о степени греховности отношений с животными. Довольно часто зоофилия рассматривалась как разновидность мастурбации. Однако это не решило проблему. Авторы восточнославянских покаянных книг утверждали, что секс с птицами более греховен, чем с млекопитающими. Испанские монахи придерживались мнения, что большего наказания заслуживают те, кто вступает в сношения с мелкими животными, чем с крупными. Наконец, святой Губерт Льежский (7-8 век) изложил этот вопрос просто: чем более «нечистым» было животное, тем сильнее было наказание за секс с ним.
В целом, зоофилия считалась третьим тягчайшим грехом в области сексуальности. Из исследований Джеймса А. Брундадж, автор книги «Закон, секс и христианское общество в средневековой Европе», показывает, что более строгое наказание грозило только за оральный и анальный секс.
До 750 года в рекомендациях Церкви появилась новая тема. Зоофилия все чаще рассматривалась не как форма мастурбации, а как сексуальный контакт. В результате стали наказывать не только людей, но и животных. Теодор Кентерберийский писал: «Животные, осквернённые половым актом с человеком, должны быть убиты, а их туши брошены на съедение собакам».
Это же правило повторялось в последующие века, объясняя, что заклание животного поможет «стереть всю память о греховном поступке» (Иво из Шартра, 11 век). Критика зоофилии усилилась в XII и XIII веках, выйдя за пределы учёных обсуждений и монастырей и дойдя до обычных проповедников. Если до сих пор исповедники часто закрывали глаза на этот грех, то теперь они стали относиться к нему со всей серьёзностью.
Анонимный монах из Ившема в 1196 году предупредил, что люди, которые при жизни вступали в связь с животными, после смерти попадут в ад, где их будут бесконечно насиловать «огромные огненные звери, настолько отвратительные, что это невозможно описать».
Для Фомы Аквинского (13 век) зоофилия уже была величайшим грехом нечистоты. Тяжелее, чем гомосексуализм, секс в немиссионерских позах и мастурбация. В его время секс с животными стал отождествляться с силами ада и чёрной магией. А это означало, что обычного покаяния за такой грех недостаточно.
Фризское законодательство XIII века предусматривало три возможных наказания за зоофилию: кастрация, погребение заживо и сожжение на костре. Выбор делал сам осуждённый. Захоронение заживо за «скотоложство» также фигурирует в английском юридическом трактате той же эпохи. В других местах виновных вешали, а затем их тела сжигали. Известно много случаев исполнения смертных приговоров. В 1468 году некий Жан Биссе был казнён во Франции за секс с коровой и козой. В 1539 году другой француз Гийом Гарнье был подвергнут пыткам и повешен за совокупление со своей собакой.
Женщин также наказывали все чаще, так что судебные процессы по обвинению в зоофилии постепенно стали сливаться с массовыми процессами по обвинению в колдовстве. В результате десятки тысяч невинных женщин были сожжены. А зоофилия? Все указывает на то, что в 16 или 17 веке она была так же распространена, как и в самом начале Средневековья.